Fiche pratique - Dépistage organisé

Nom technique : depistage

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Vocation

Le signalement « Dépistage organisé » enregistre les tests des trois programmes nationaux : sein (breast), colorectal (colorectal) et col de l’utérus (cervix), issus des CRCDC (format Santé publique France). Ce n’est pas une déclaration de cancer : un test, même positif, n’est pas un diagnostic. L’intérêt registre est le cancer d’intervalle (cancer survenant ≤ 2 ans après un test négatif) : on rattache l’historique de dépistage à un patient déjà connu.

Format canonique d’import

Une ligne = un test de dépistage (plusieurs lignes par personne, le dépistage étant récurrent).

Séparateur de colonnes ; recommandé (, également auto-détecté) ; entourez de guillemets "…" toute cellule contenant le séparateur ou un retour ligne. En-têtes en snake_case, identiques aux csvKey du tableau ci-dessous et dans l’ordre du manifeste. Toutes les colonnes sont des champs fournis par le data manager, sauf les trois contrôles d’import (can_create_patient, can_create_tumor, excluded) en fin de tableau.

Colonne (csvKey)	Libellé	Format attendu	Obligatoire	Nature
screening_program	Programme	enum - breast / colorectal / cervix	oui	fourni
screening_number	N° de dépistage	code (mis en majuscules, points/espaces retirés) - N° SpF, 14 car.	oui	fourni
test_date	Date du test	date (JJ/MM/AAAA ou AAAA-MM-JJ)	oui	fourni
previous_test_date	Date du test précédent	date (JJ/MM/AAAA ou AAAA-MM-JJ)	-	fourni
screening_round	Rang / vague	entier	-	fourni
test_result	Résultat du test	enum - negative / positive / not_analysable / unknown	-	fourni
final_diagnosis	Situation finale	enum - normal / benign / suspect / polyp_low_risk / polyp_high_risk / cancer / pending / lost_to_followup / unknown	-	fourni
complementary_exam_result	Résultat examen complémentaire	valeur packée / texte libre (narration du bilan : coloscopie, ACR, colposcopie…)	-	fourni
patient_last_name	Nom	texte (nom marital)	oui	fourni
patient_first_name	Prénom	texte	-	fourni
patient_birth_name	Nom naissance	texte	-	fourni
patient_birth_date	Date naissance	date (JJ/MM/AAAA ou AAAA-MM-JJ), pas dans le futur	-	fourni
patient_sex	Sexe	texte (M/F)	-	fourni
patient_secu	N° Sécu (NIR)	NIR - seuls les 10 premiers chiffres sont conservés	-	fourni
patient_address	Adresse	texte	-	fourni
patient_postal_code	Code postal	code postal (zéros de tête restaurés)	-	fourni
patient_city	Ville	texte	-	fourni
residence_insee_code	Code INSEE de résidence	texte (5 car.)	-	fourni
structure_finess	FINESS de l’établissement	code FINESS (9 caractères) connu du registre ; vide accepté, inconnu ou malformé → ligne rejetée	-	fourni
prescriber_name	Prescripteur	texte	-	fourni
prescriber_address	Adresse prescripteur	texte	-	fourni
prescriber_postal_code	CP prescripteur	code postal (zéros de tête restaurés)	-	fourni
prescriber_city	Ville prescripteur	texte	-	fourni
prescriber_rpps	RPPS prescripteur	code (mis en majuscules, points/espaces retirés)	-	fourni
document	Document associé	nom de fichier (extension comprise) d’une entrée de l’archive ZIP déposée avec le CSV ; vide accepté, nom absent → ligne sans document (voir Documents associés)	-	document
can_create_patient	Peut créer un patient	oui / non	-	contrôle d’import
can_create_tumor	Peut créer une tumeur	oui / non	-	contrôle d’import
excluded	Exclu	entier (0/vide = non exclu ; 1 = motif par défaut ; ≥ 2 = motif registre)	-	contrôle d’import

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Préparer son CSV à partir de la source brute

Le data manager transforme son export CRCDC/SpF (sein, colorectal ou col de l’utérus - formats natifs distincts) vers ce format canonique unique. Check-list :

1. Périmètre. Ne garder que les trois programmes couverts : sein, colorectal et col de l’utérus. Tout autre dépistage organisé (peau, prostate…) est hors périmètre et à écarter en amont.
2. screening_program (obligatoire) : forcer la valeur d’enum exacte breast / colorectal / cervix selon le fichier source traité.
3. screening_number (obligatoire) : reporter le N° de dépistage SpF. C’est la clé de déduplication - sans lui la ligne est rejetée.
4. test_result et final_diagnosis : mapper les codes source vers les valeurs d’enum lors du prétraitement - ces deux colonnes doivent arriver déjà normalisées. Tout résultat illisible ou non mappable → unknown côté test_result ; situation finale inconnue → unknown côté final_diagnosis.
5. Dates (test_date, previous_test_date, patient_birth_date) : normaliser en JJ/MM/AAAA (ou AAAA-MM-JJ).
6. NIR (patient_secu) : le système ne conserve que les 10 premiers chiffres (garde-fou : espaces et caractères non numériques retirés, troncature à 10 chiffres). Inutile de le tronquer à la main.
7. Bilan / examen complémentaire : verser la narration libre (résultat coloscopie, ACR, colposcopie, histologie) dans complementary_exam_result.
8. Prescripteur : renseigner prescriber_name et, si dispo, l’adresse/ville/CP/RPPS. La provenance du prescripteur (ville vs hôpital vs labo) est utile à l’enquête ARC.
9. Contrôles d’import (can_create_patient, can_create_tumor, excluded) : laisser vides dans le cas général (cf. Comportement par défaut à l’import). Les renseigner seulement pour surcharger une ligne précise.

Note sur les négatifs de patients inconnus : par défaut, un test négatif rattaché à un patient qui n’est pas déjà connu du registre n’est pas conservé ; la ligne reste en attente, sans création de patient. Les négatifs ne sont conservés que pour un patient déjà connu.

Comportement par défaut à l’import

Cette typologie est en rattachement seul : par défaut can_create_patient = false et can_create_tumor = false. Raison métier : on importe négatifs et positifs sans filtre clinique, et un test n’étant pas un diagnostic, le dépistage ne doit ni créer un nouveau patient ni ouvrir une tumeur - il se rattache à un patient déjà connu, sinon la ligne reste en attente.

Le data manager surcharge par ligne via les colonnes can_create_patient / can_create_tumor (oui ou non uniquement, toute autre valeur met la ligne en erreur à la pré-validation). Forcer can_create_tumor = oui ne crée jamais de tumeur sur un dépistage non cancéreux : un garde-fou empêche la création de tumeur dès que final_diagnosis ≠ cancer (detected_cancer = false).

Colonne excluded :

• 0 ou vide = ligne non exclue ;
• 1 = exclusion avec le motif par défaut (motif global n°1) ;
• ≥ 2 = motif spécifique du catalogue d’exclusion du registre. Un numéro inconnu du catalogue fait rejeter la ligne.
• Seuls des chiffres sont acceptés : oui, x, -1, 1.5 ou tout texte mettent la ligne en erreur à la pré-validation.

Ce que fait le système à l’import

Une fois votre fichier déposé, le système traite chaque ligne (chaque test) en trois temps :

1. Validation - champs obligatoires (screening_program, screening_number, test_date, patient_last_name) et formats. Une ligne invalide est rejetée, motif affiché dans l’aperçu avant import.
2. Mise en qualité - il dérive la topographie CIM-O-3 directement du programme (sein → C50, colorectal → C18, col → C53), avec son groupe topo IARC, et déduit detected_cancer de la situation finale. Pas de transcodage morphologique : un test n’est pas un diagnostic.
3. Enregistrement - les lignes valides deviennent des signalements ; un même test re-livré met à jour la ligne existante (upsert).

Le rapprochement avec un patient (identito-vigilance) ne se déclenche pas automatiquement pour le dépistage : l’identité créée à l’import reste en attente d’un rattachement ultérieur. Rien à préparer pour ça dans le CSV.

Spécificités

• Déduplication / réimport : la clé d’un test est screening_number + test_date + screening_program. test_date est volontairement dans la clé - deux tests d’une même personne à des dates différentes ne sont pas des doublons et restent tous deux visibles. Seul le même test re-livré dans une vague CRCDC ultérieure entre en collision : il est alors upserté, ce qui permet de compléter une situation finale arrivée dans une vague suivante. Seules les données du test sont mises à jour : l’identité et l’adresse restent celles du premier envoi. Robuste aux livraisons cumulatives comme incrémentales.
• Transcodage propre : pas de transcodage CIM-O-3 ; la topographie cimo3_topo_code est dérivée en dur du programme (indication d’organe, sans morphologie). Le transcodage des résultats/situations est à la charge du data manager (cf. Préparer son CSV).
• Champs particuliers : screening_number requis à l’import (rare pour un identifiant source) ; previous_test_date propre au calcul du cancer d’intervalle.

Points d’attention

• screening_number manquant → ligne rejetée (et clé de dédup ambiguë). Idem pour les autres obligatoires : screening_program, test_date, patient_last_name.
• screening_program hors enum (peau, prostate, valeur libre) → ligne en erreur à la pré-validation. Filtrer peau/prostate en amont.
• test_result / final_diagnosis non normalisés : une valeur hors enum n’est pas devinée et met la ligne en erreur à la pré-validation (la casse est ignorée : Positive est lu positive). Mapper soi-même ; à défaut, unknown.
• Forcer can_create_tumor = oui sur un non-cancer reste sans effet : le garde-fou bloque la création de tumeur si final_diagnosis ≠ cancer. detected_cancer est calculé, jamais importé.
• Même test re-livré : c’est un upsert, pas un doublon.